Владимир Литвиненко - лауреат Государственной премии Российской Федерации в области науки и техники за «Геологический атлас России», лауреат премии Правительства РФ 2008 года в области науки и техники «За разработку и внедрение экологически безопасных комбинированных технологий добычи и комплексной переработки руд, обеспечивающих ввод в эксплуатацию и освоение уникального Яковлевского месторождения богатых железных руд».
В октябре 2020 года Президент России Владимир Путин наградил Владимира Литвиненко орденом «За заслуги перед Отечеством» II степени за достижения в области научно-педагогической деятельности, подготовку квалифицированных специалистов и многолетнюю добросовестную работу. Соответствующий указ опубликован на официальном интернет-портале правовой информации. Ранее ректор уже являлся кавалером орденов Почёта и «За заслуги перед отечеством» IV и III степеней. Также у него есть орден Андрея Первозванного за вклад в развитие минерально-сырьевого комплекса России.
В числе наград, вручённых ректору иностранными Правительствами и организациями, - орден «Командор», присвоенный ему решением Верховной комиссии по наградам Бельгии за значительные заслуги в области науки. Кроме того, он награжден медалью Института материалов, минералов и горного дела (IOM3, Великобритания) за выдающийся вклад в развитие стратегических международных проектов.
IOM3 - это профессиональное сообщество инженеров, в задачу которого входит развитие всех аспектов горного дела, начиная с разведки и добычи, заканчивая рециклингом и применением переработанной продукции. Его деятельность, в частности, направлена на повышение компетенций действующих специалистов и внедрение в производство лучших практик, существующих в мире.