В первом уставе Горного училища (1774) записано: «Научать также, измерять количество воды в источниках и реках, показывать, коим образом речные берега от сильного течения воды защищать; как в мелководных реках делать каменные и деревянные плотины и подъемные ворота, по состоянию и свойству фундамента, с потребными к тому прочими частями строения».
Длительное время вопросы гидрогеологии и инженерной геологии освещались в курсе физической геологии.
С 1917 года А.Д. Стопневичем – автором перевода работы К. Кейльгака «Подземные воды» (1914) и сводки по минеральным водам России, начал читаться курс «Подземные воды», который с 1920 года был продолжен П.И. Бутовым.
В 1930 году сформировалась специальность «Гидрогеология и инженерная геология» с тремя кафедрами - гидрогеологии под руководством П.И. Бутова (1882-1937), инженерной геологии - П.А. Шильникова (1883-1967), и минеральных вод – Н.Н. Славянова (1878-1958).
В 1935 году кафедры объединились в одну - гидрогеологии и инженерной геологии, которую возглавил профессор Н.В. Бобков (1883-1938).
В 1938 году заведующим кафедрой стал проф. Н.И. Толстихин и руководил ею на протяжении 38 лет.
С 1973 гг. во главе кафедры гидрогеологии и инженерной геологии работал проф. В.Д. Ломтадзе (1973-1976), проф. В.А. Кирюхин (1976-1998), В.В. Антонов (1998-2013), с 2014 года – доц. Д.Л. Устюгов.
За последние 5 лет кафедра выпустила свыше 150 выпускников, работающих в ведущих проектных, строительных и горнодобывающих предприятиях России и зарубежных стран.